怎么找与蛋白相互作用的蛋白？
对于相互作用的研究目前主要有两种方法，一是通过生物化学的手段直接研究体内或体外膜片上两个蛋自的相互作川情况；二是先通过基因组学的方法确定可能与靶蛋自发生相互作用的蛋自质，再验证这些蛋白质和靶蛋自的生物学相互作用. 后一种方法又分为基因组搜索法和序列相似性比较法两种。前者是通过对整个基因组进行大规模全染色体筛先以发现可能的作用靶点，后者则是从已知的结构功能相似性的角度来推断可能的作用靶点。二者最终都是为了找到具体的相互作用分子。
1、基因芯片技术
2、质谱分析技术 利用液相色谱（LC）或高速逆流色谱（HSCCC）将样品中不同的蛋白质分离，然后进行酶切，收集不同酶切的肽段，经HPLC纯化后，采用串联质谱（TMS）或者四级杆质谱进行分析。由于结合状态的蛋白质不易用LC或HSCCC充分分离，所以往往需要去除糖类、脂质和其他修饰酶对蛋白质进行预处理，再用上述方法进行分析。另外，还可以通过制备型HPLC直接富集目标肽段，然后再进行串联质谱检测。
3、酵母双杂交系统
4、分子模型建立与模拟
参考资料： 中国国家生命科学网-医学细胞生物学 百度百科-蛋白质相互作用